从事海量数据的遗传分析方法研究。代表性工作：

1）建立关联分析的基于IBD的混合线性模型分析方法（Genetics 2005,169:2267-2275）和发展了全新的多位点GWAS算法（FASTmrEMMA：Briefings in Bioinformatics 2017, online; ISIS EM-BLASSO：PLoS Computational Biology, online; mrMLM：Scientific Reports 2016, 6: 19444; pLARmEB：Heredity, Accepted）（软件https://cran.r-project.org/web/packages/mrMLM/index.html）

2）提出基于多基因背景控制的全基因组复合区间作图GCIM法（Scientific Reports 2016, 6: 29951）(软件同上)

3）提出了超饱和线性模型参数估计的惩罚最大似然方法（Heredity 2005, 95：96-104），参与提出Bayesian压缩估计方法（Genetics 2005，170：465-480）

4）提出了利用部分NCII遗传交配设计进行遗传分析的策略及其分析方法（PLOS ONE 2015；Scientific Reports 2015）

5）系统拓展了主基因+多基因混合遗传模型分析方法，研制了R软件包

从事基因组变异与复杂性状形成的分子进化机制研究。

代表性论文：基因组变异与豆科植物根瘤固氮(MBE 2013，IF：14.308)、禾本科植物高淀粉含量（MBE 2012, IF：10.353）和高蛋白质含量的分子进化机制

主要研究大豆驯化性状的遗传基础

在Scientific Reports、TAG、The Plant Genome和Mol Breeding等发表论文多篇